Αρχικά, ο θάνατός της θεωρήθηκε ατύχημα, ωστόσο οι έρευνες των αρχών και η εκπομπή «Φως στο Τούνελ» αποκάλυψαν πως επρόκειτο για δολοφονία.
Όταν βρέθηκε νεκρή, θεωρήθηκε ότι η φωτιά ξέσπασε από τσιγάρο, καθώς η Ελένη ήταν έντονη καπνίστρια. Όμως, οι έρευνες αποκάλυψαν ένα σκοτεινότερο γεγονός. Το πόρισμα των αξιωματικών, πραγματογνωμόνων και του Ανακριτικού Τμήματος της Πυροσβεστικής ανέφερε ότι χρησιμοποιήθηκε εύφλεκτο υγρό και ότι η πυρκαγιά στήθηκε για να καλύψει τα ίχνη της δολοφονίας.
Η τοξικολογική ανάλυση αποκάλυψε ότι η Ελένη δεν πέθανε από εισπνοή καπνού, αφού το ποσοστό μονοξειδίου του άνθρακα στο αίμα της ήταν μόλις 5%, αρκετό για καπνίστρια, αλλά όχι για θάνατο από φωτιά. Αντιθέτως, αυτό δείχνει ότι όταν οι φλόγες τύλιγαν το σώμα της, εκείνη είχε ήδη σταματήσει να αναπνέει.
Η ανάλυση επίσης εντόπισε δραστική ουσία ηρεμιστικών χαπιών σε πολύ υψηλές συγκεντρώσεις, υποδεικνύοντας ότι η γυναίκα ήταν είτε σε βαθιά καταστολή είτε ήδη νεκρή πριν την πυρπολήσουν. Τα εγκληματολογικά εργαστήρια επιβεβαίωσαν την ανατριχιαστική εκδοχή: στα ρούχα της εντοπίστηκε επιταχυντής καύσης. Κάποιος την είχε περιλούσει με βενζίνη, είχε ποτίσει τον καναπέ και τον γύρω χώρο και στη συνέχεια άναψε τη φωτιά.
Η αντίδραση του γιου της Ελένης Παπαδοπούλου
Στην πρώτη επικοινωνία με την εκπομπή «Φως στο Τούνελ», ο γιος της δήλωσε κατηγορηματικά ότι η υπόθεση είχε «κλείσει». Παρά τις προσπάθειες του δημοσιογράφου να του εξηγήσει ότι η έρευνα συνεχίζεται, εκείνος παρέμενε αμετακίνητος:
«Η υπόθεση έχει τελειώσει. Δεν υπάρχει καμία ανοιχτή έρευνα. Αν υπήρχε, θα το ήξερα», τόνισε.
Όταν ρωτήθηκε για συνάντηση, η απάντησή του ήταν ξεκάθαρη: «Όχι, για κανέναν λόγο. Ό,τι χρειάζεται να ξέρω, το ξέρω ήδη από τις αρμόδιες αρχές. Το σπίτι ήταν κλειδωμένο, η φωτιά προκλήθηκε από τσιγάρο και δεν υπήρχε κάτι άλλο. Σας παρακαλώ μην με ενοχλείτε».
